Opgaver i databasesøgning

Opgaverne kan løses ved at gå ind på GenBanks hjemmeside, vælge Blast, lad FASTA format stå, skriv >test på første linie og klippe-klistre en sekvens ind på anden linie. Gå evt. ind i MEDLINE for at få yderligere litteratur.

Opgaverne er lavet af Henrik Christensen, Veterinær Mikrobiologi, KVL.

Opgave 1: Detektionsprober for methicillin resistente Staphylococcus aureus (MRSA)

Et nyt testkit fra Statens Serum Institut (Skov et al. 1999, Journal of Antimicrobial Chemotherapy 43, 467-75) hævdes at være specifikt overfor MRSA. Følgende detektionsprober angives i kittet.

MecAres1, 5'-tttatcggacgttcagtcatttctacttcaccattatcgc

mecAres2, 5'- tgaacgttgcgatcaatgttaccgtagtttgttttaattt

nucf2, 5'-caaaggtcaaagaactgataaatatggacgtggcttagcg

nucf3, 5'-atgtttacaaacctaacaatacacatgaacaacatttaag

psa16S-2, 5'-ttcgccactggtgttcctccatatctctgc

Kan specificiteten dokumenteres ved databasesøgning? Vær opmærksom på fejl-notering af sekvenser i databasen.

Opgave 2: Påvisning af ukendt bakterie

På den diagnostiske afdeling på Landbohøjskolen fås en prøve ind fra Zoologisk Have. Bakterien kan ikke umiddelbart bestemmes og sendes til 16S rRNA sekventering. Sekvensen er:

   1 ctggtggcat gctttacaca tgcaagtcga acggtaacag gtcttaggat gctgacgagt
  61 gccggaccgg gtgagtaacg cgtaggaatc tgcccatttg agggggatac cagttggaaa
 121 cgactgttaa taccgcataa tatctgtgga ttaaaggtgg ctttcgggct gtcgcagatg
 181 gatgagcctg cgttggatta gctagttggt ggggtaaggg cccaccaagg ctacgatcca
 241 tagctgattt gagaggatga tcagccacat tgggactgag acacggccca aactcctacg
 301 ggaggcagca gtggggaata ttggacaatg ggggcaaccc tgatccagca atgccatgtg
 361 tgtgaagaag gccctagggt tgtaaagcac tttagttggg gaggaaagcc tcaaggttaa
 421 tagccttggg ggaggacgtt acccaaagaa taagcaccgg ctaactccgt gccagcagcc
 481 gcggtaatac ggggggtgca agcgttaatc ggaattactg ggcgtaaagg gtctgtaagg
 541 tggtttgtta agtcagatgt gaaagcccag ggctcaacct ttggaactgc atttgatact
 601 ggcaaactag agtacggtag aggaatgggg aatttctggt gtagcggtga aatgcgtaga
 661 gatcagaagg aacaccaatg gcgaaggcaa cattctggac cgatactgac actgagggac
 721 gaaagcgtgg ggatcaaaca ggattagata ccctggtagt ccacgctgta aacgatgagt
 781 actagctgtt ggagtcggtg taaaggctct agtggcgcag ctaacgcgat aagtactccg
 841 cctggggact acggccgcaa ggctaaaact caaaggaatt gacggggacc cgcacaagcg
 901 gtggagcatg tggtttaatt cgatgcaacg cgaagaacct tacctggtct tgacatcctg
 961 cgaactttct agagatagat tggtgccttc gggaacgcag tgacaaggtg ctgcacggct
1021 gtcgtcagct cgtgttgtga aatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccctattg
1081 atagttacca tcattaaggt tgggtactct attaagactg ccgctgacaa ggcggaggaa
1141 ggtggggacg acgtcaagtc atcatggccc ttacgaccag ggctacacac gtgctacaat
1201 gggtattaca gagggctgcg aaggtgcgag ctggagcgaa actcaaaaag gtactcttag
1261 tccggattgc agtctgcaac tcgactgcat gaagtcggaa tcgctagtaa tcgcaggtca
1321 gaatactgcg gtgaatacgt tcccgggtct tgtacacacc gcccgtcaca ccatgggagt
1381 gggttgctcc agaagtagat agcttaacga atggcgttta ccacggagtg a

Du er specialist i bioinformatik og har til opgave at bestemme bakterien udfra databasesøgning. Hvilken bakterie er det? Hvad foretager du dig herefter? (brug Medline til at se om bakterien er farlig!) er det farligt at analysere sekvensen?

Opgave 3: Bioinformatikmedarbejderens egen diagnose

Du har skåret dig i fingeren på en køkkenkniv og fået betændelse. For at påvise infektionen dyrker du bakterien på en blodplade, ekstraherer DNA, PCR-amplificerer 16S rRNA og sekventerer.

Sekvensen er:

  1 gcgtgctaat acatgcaagt cgagcgaacg gacgagaagc ttgcttctct gatgttagcg
  61 gcggacgggt gagtaacacg tggataacct acctataaga ctgggataac ttcgggaaac
 121 cggagctaat accggataat attttgaacc gcatggttca aaagtgaaag acggtcttgc
 181 tgtcacttat agatggatcc gcgctgcatt agctagttgg taaggtaacg gcttaccaag
 241 gcaacgatgc atagccgacc tgagagggtg atcggccaca ctggaactga gacacggtcc
 301 agactcctac gggaggcagc agtagggaat cttccgcaat gggcgaaagc ctgacggagc
 361 aacgccgcgt gagtgatgaa ggtcttcgga tcgtaaaact ctgttattag ggaagaacat
 421 atgtgtaagt aactgtgcac atcttgacgg tacctatcgg aaagccacgg ctaactacgt
 481 gccagcagcc gcggtaaata cgtaggtggc aagcgttatc cggaattatt gggcgtaaag
 541 cgcgcgtagg cggtttttta agtctgatgt gaaagcccac ggctcaaccg tggagggtca
 601 ttggaaactg gaaaacttga gtgcagaaga ggaaagtgga attccatgtg tagcggtgaa
 661 atgcgcagag atatggagga acaccagtgg cgaaggcgac tttctggtct gtaactgacg
 721 ctgatgtgcg aaagcgtggg gatcaaacag gattagatac cctggtagtc cacgccgtaa
 781 acgatgactg ctaagtgtta gggggtttcc gccccttagt gctgcagcta acgcattaag
 841 cactccgcct ggggagtacg accgcaaggt tgaaactcaa aggaattgac ggggacccgc
 901 acaagcggtg gagcatgtgg tttaattcga agcaacgcga agaaccttac caaatcttga
 961 catcctttga caactctaga gatagagcct tccccttcgg gggacaaagt gacaggtggt
1021 gcatggttgt cgtcagctcg tgtcgtgaga tgttgggtta agtcccgcaa cgagcgcaac
1081 ccttaagctt agttgccatc attaagttgg gcactgtaag ttgactgccg gtgacaaacc
1141 g

Er det noget farligt? Bør du søge læge? Kan infektionen behandles med penicillin?

Opgave 4: Ukendt protein

Du arbejder som biokemiker på mejeriernes R&D-afdeling. I er ved at udvikle en ny ekstra tyk yoghurt (ekstra meget gelatine) med jordbærsmag. Produktet smager godt, men for at dokumentere evt. gavnlige effekter på fordøjelsen til brug ved markedsføringen sekventerer du nogle proteiner. Der foretages homologi-søgning for at se, hvad det ligner mest. Et af proteinerne har nedenstående sekvens, hvilket protein drejer det sig om?

Testprotein-sekvens:

mvkshigswi lvlfvamwsd vglckkrpkp gggwntggsr ypgqgspggn ryppqggggw
gqphgggwgq phgggwgqph gggwgqphgg ggwgqggshs qwnkpskpkt nmkhvagaaa
agavvgglgg ymlgsamsrp lihfgndyed ryyrenmhry pnqvyyrpvd qysnqnnfvh
dcvnitvkeh tvttttkgen ftetdikmme rvveqmcitq yqresqayyq rgasvilfss
ppvillisfl iflivg

Redigeret af Peter Sestoft (sestoft@dina.kvl.dk) 2000-04-05